Gerakan separatis dan PKI

1. Rasa kesukuan yang ditanamkan DI/TII telah berakar di hati rakyat Kahar Muzakar dan gerombolannya mengenal sifat rakyat. Kahar Muzakar dan pasukannya juga memanfaatkan lingkungan alam yang sangat dikenalnya sehingga sulit ditumpas.
2. Mengoptimalkan potensi dan kekayaan daerah, menuntut otonomi daerah yang seluas-luasnya, dan mengusahakan pembangunan daerah agar setara dengan pembangunan di ibu kota Jakarta.
3. Persetujuan Renville mengharuskan pemerintah RI menarik pasukan gerilya RI ke luar batas garis demarkasi Van Mook dan mengosongkan wilayah-wilayah yang dikuasai Belanda, diantaranya daerah Jawa Barat. Tokoh gerilya RI, S.M. Kartosuwiryo, yang memimpin pasukan Hizbullah dan Sabilillah, menolak membawa pasukannya dari Jawa Barat ke Jawa Tengah. Ia tidak lagi mengakui kedaulatan RI dan memproklamasikan berdirinya Negara Islam Indonesia pada 7 Agustus 1949.
4. Gerakan separatis GAM dan gerakan DI/TII Aceh memiliki keterkaitan yaitu kedua gerakan tersebut menuntut keadilan dari pemerintah pusat terhadap Aceh. Gerakan DI/TII Aceh menuntut status wilayah propinsi kepada pemerintah pusat, mengingat tidak sedikit bantuan yang diberikan rakyat Aceh selama perang kemerdekaan. Sedangkan, Gerakan Aceh Merdeka menuntut Aceh lepas dari RI akibat kesejahteraan rakyat Aceh kurang diperhatikan oleh pemerintah pusat karena pembangunan hanya terfokus di Pulau Jawa.
5. Musso sebagai tokoh kawakan PKI mengeluarkan propaganda yang menentang kebijakan kabinet Hatta. Menurutnya, kebijaksanaan kabinet Hatta lebih menjual bangsa Indonesia kepada pihak Belanda. Musso kemudian menggerakkan kekuatan PKI untuk melakukan pemberontakan di Madiun pada tahun 1948.
6. Pada bulan Agustus 1965, Presiden Soekarno dikabarkan sakit keras. Keadaan tersebut dimanfaatkan oleh PKI untuk merebut kekuasaan. Pimpinan Biro Khusus PKI kemudian mengadakan rapat untuk mempersiapkan gerakan yang akan dilaksanakan pada 30 September. Pada 30 September 1965, PKI menculik dan membunuh enam orang perwira tinggi dan seorang perwira pertama Angkatan Darat. Ketujuh perwira tersebut dibawa ke Lubang Buaya. Selain itu, PKI juga membunuh Ade Irma Suryani, putri Jenderal Nasution. Bersamaan dengan waktu penculikan, PKI juga menduduki RRI dan Pos Telekomunikasi. Di Jawa Tengah, G30S/PKI berhasil merebut kekuasaan di Semarang dan Yogyakarta. PKI berhasil menculik dan membunuh Kolonel Katamso dan Letkol. Sugiyono. ABRI kemudian mengadakan Operasi Penumpasan yang mulai dilancarkan pada 1 Oktober 1965.
7. Letjen. Achmad Yani, Mayjen. Soeprapto, Mayjen. Haryono, Mayjen. S. Parman, Brigjen. Pandjaitan, Brigjen. Soetojo, Letjen. Pierre Tendean, Kolonel Katamso dan Letkol. Sugiyono.
8. Mendukung dan mendorong penggalangan persatuan dwitunggal antara elemen masyarakat dan ABRI dalam melaksanakan dan mengamalkan Pancasila secara murni. Menolak usaha-usaha pembelaan dari unsur apa pun terhadap G30S/PKI.
9. Pembubaran PKI, pembersihan kabinet Dwikora dari unsur-unsur PKI, dan penurunan harga serta perbaikan ekonomi.
10. Harold Crouch mempunyai tiga penafsiran sebab G30S/PKI. Pertama, ia melihat bahwa penyebab dari munculnya tragedi tersebut berasal dari adanya fraksi di dalam tubuh militer yang tidak puas akan kepemimpinan petinggi militer pada kala itu. Kedua, tragedi tersebut muncul akibat adanya argumen bahwa pergerakan ABRI seluruhnya didalangi PKI. Ketiga, penyebab peristiwa tersebut adalah adanya kemitraan antara beberapa pejabat pemerintah dengan pimpinan PKI.