Abdurrahman Wahid yang lebih dikenal dengan panggilan Gus Dur terpilih menjadi Presiden Republik Indonesia keempat pada tanggal 20 Oktober 1999. Terpilihnya Gus Dur sebagai presiden tidak terlepas dari keputusan MPR yang menolak laporan pertanggungjawaban Presiden B.J. Habibie. Berkat dukungan partai-partai Islam yang tergabung dalam Poros Tengah, Abdurrahman Wahid mengungguli calon presiden lain yakni Megawati Soekarno Putri dalam pemilihan presiden yang dilakukan melalui pemungutan suara dalam rapat paripurna ke-13 MPR. Megawati Soekarno Putri sendiri terpilih menjadi wakil presiden setelah mengungguli Hamzah Haz dalam pemilihan wakil presiden melalui pemungutan suara pula. Ia dilantik menjadi wakil presiden pada tanggal 21 Oktober 1999.
Perjalanan pemerintahan Presiden Abdurrahman Wahid dalam melanjutkan cita-cita reformasi diawali dengan membentuk Kabinet Persatuan Nasional. Kabinet ini adalah kabinet koalisi dari partai-partai politik yang sebelumnya mengusung Abdurrahman Wahid menjadi presiden yakni PKB, Golkar, PPP, PAN, PK dan PDI-P. Di awal pemerintahannya, Presiden Abdurrahman Wahid membubarkan dua departemen yakni Departemen Penerangan dan Departemen Sosial dengan alasan perampingan struktur pemerintahan.
Selain itu, pemerintah berpandangan bahwa aktivitas yang dilakukan oleh kedua departemen tersebut dapat ditangani oleh masyarakat sendiri. Dari sudut pandang politik, pembubaran Departemen Penerangan merupakan salah satu upaya untuk melanjutkan reformasi di bidang sosial dan politik mengingat departemen ini merupakan salah satu alat pemerintahan Orde Baru dalam mengendalikan media massa terutama media massa yang mengkritisi kebijakan pemerintah.
Pembubaran Departemen Penerangan dan Sosial diiringi dengan pembentukan Departemen Eksplorasi Laut melalui Keputusan Presiden No. 355/M tahun 1999 tanggal 26 Oktober 1999. Sedangkan penjelasan mengenai tugas dan fungsi termasuk susunan organisasi dan tata kerja departemen ini tertuang dalam Keputusan Presiden No. 136 tahun 1999 tanggal 10 November 1999.
Nama departemen ini berubah menjadi Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) berdasarkan Keputusan Presiden No. 165 tahun 2000 tanggal 23 November 2000. Pembentukan departemen ini memiliki nilai strategis mengingat hingga masa pemerintahan Presiden Habibie, sektor kelautan Indonesia yang menyimpan kekayaan sumber daya alam besar justru belum mendapat perhatian serius dari pemerintah sebelumnya. Selain explorasi dan eksploitasi sumber daya kelautan, berbagai kegiatan ekonomi yang terkait langsung dengan laut meliputi pariwisata, pengangkutan laut, pabrik dan perawatan kapal dan pengembangan budi daya laut melalui pemanfaatan bioteknologi.
Buku sejarah indonesia xii k13