Cikal bakal pemberontakan DI/TII yang meluas di beberapa wilayah indonesia bermula dari sebuah gerakan di Jawa Barat yang dipimpin oleh S.M. Kartosuwiryo. Ia dulu adalah salah seorang tokoh Partai Sarekat Islam Indonesia (PSII). Adalah perjanjian Renville yang membuka peluang bagi Kartosuwiryo untuk lebih mendekatkan cita-cita lamanya untuk mendirikan negara Islam.
Salah satu keputusan Renville adalah harus pindahnya pasukan RI dari daerahdaerah yang diklaim dan diduduki Belanda ke daerah yang dikuasai RI. Di Jawa Barat, Divisi Siliwangi sebagai pasukan resmi RI pun dipindahkan ke Jawa Tengah karena Jawa Barat dijadikan negara bagian Pasundan oleh Belanda. Akan tetapi laskar bersenjata Hizbullah dan Sabilillah yang telah berada di bawah pengaruh Kartosuwiryo tidak bersedia pindah dan malah membentuk Tentara Islam Indonesia (TII). Vakum (kosong)-nya kekuasaan RI di Jawa Barat segera dimanfaatkan Kartosuwiryo. Meski awalnya ia memimpin perjuangan melawan Belanda dalam rangka menunjang perjuangan RI, namun akhirnya perjuangan tersebut beralih menjadi perjuangan untuk merealisasikan cita-citanya. Ia lalu menyatakan pembentukan Darul Islam (negara Islam/DI) dengan dukungan TII, di Jawa Barat pada Agustus 1948.
Persoalan timbul ketika pasukan Siliwangi kembali balik ke Jawa Barat. Kartosuwiryo tidak mau mengakui tentara RI tersebut kecuali mereka mau bergabung dengan DI/TII. Ini sama saja Kartosuwiryo dengan DI/TII nya tidak mau mengakui pemerintah RI di Jawa Barat. Maka pemerintahpun bersikap tegas. Meski upaya menanggulangi DI/TII Jawa Barat pada awalnya terlihat belum dilakukan secara terarah, namun sejak tahun 1959, pemerintah mulai melakukan operasi militer.
Operasi terpadu “Pagar Betis” digelar, dimana tentara pemerintah menyertakan juga masyarakat untuk mengepung tempat-tempat pasukan DI/TII berada. Tujuan taktik ini adalah untuk mempersempit ruang gerak dan memotong arus perbekalan pasukan lawan. Selain itu diadakan pula operasi tempur dengan sasaran langsung basis-basis pasukan DI/TII. Melalui operasi ini pula Kartosuwiryo berhasil ditangkap pada tahun 1962. Ia lalu dijatuhi hukuman mati, yang menandai pula berakhirnya pemberontakan DI/TII Kartosuwiryo. Di Jawa Tengah, awal kasusnya juga mirip, dimana akibat persetujuan Renville daerah Pekalongan-Brebes-Tegal ditinggalkan TNI (Tentara Nasional Indonesia) dan aparat pemerintahan. Terjadi kevakuman di wilayah ini dan Amir Fatah beserta pasukan Hizbullah yang tidak mau di-TNI-kan segera mengambil alih.
Saat pasukan TNI kemudian balik kembali ke wilayah tersebut setelah Belanda melakukan agresi militernya yang kedua, sebenarnya telah terjadi kesepakatan antara Amir Fatah dan pasukannya dengan pasukan TNI. Amir Fatah bahkan diangkat sebagai koordinator pasukan di daerah operasi Tegal dan Brebes.
Namun ketegangan karena berbagai persoalan antara pasukan Amir Fatah dengan TNI sering timbul kembali. Amir Fatah pun semakin berubah pikiran setelah utusan Kartosuwiryo datang menemuinya lalu mengangkatnya sebagai Panglima TII Jawa Tengah. Ia bahkan kemudian ikut memproklamirkan berdirinya Negara Islam di Jawa Tengah. Sejak itu terjadi kekacauan dan konflik terbuka antara pasukan Amir Fatah dengan pasukan TNI.
Tetapi berbeda dengan DI/TII di Jawa Barat, perlawanan Amir Fatah tidak terlalu lama. Kurangnya dukungan dari penduduk membuat perlawanannya cepat berakhir. Desember 1951, ia menyerah.
Selain Amir Fatah, di Jawa Tengah juga timbul pemberontakan lain yang dipimpin oleh Kiai Haji Machfudz atau yang dikenal sebagai Kyai Sumolangu.
Ia didukung oleh laskar bersenjata Angkatan Umat Islam (AUI) yang sejak didirikan memang berkeinginan menciptakan suatu negara Indonesia yang berdasarkan prinsip-prinsip Islam. Meski demikian, dalam perjuangan untuk mempertahankan kemerdekaan, awalnya AUI bahu membahu dengan Tentara Republik dalam menghadapi Belanda. Wilayah operasional AUI berada daerah Kebumen dan daerah sekitar pantai selatan Jawa Tengah.
Namun kerjasama antara AUI dengan Tentara RI mulai pecah ketika pemerintah hendak melakukan demobilisasi AUI. Ajakan pemerintah untuk berunding ditolak Kyai Sumolangu. Pada akhir Juli 1950 Kyai Sumolangu melakukan pemberontakan. Sesudah sebulan bertempur, tentara RI berhasil menumpas pemberontakan ini. Ratusan pemberontak dinyatakan tewas dan sebagian besar berhasil ditawan. Sebagian lainnya melarikan diri dan bergabung dengan pasukan TII di Brebes dan Tegal. Akibat pemberontakan ini kehancuran yang diderita di Kebumen besar sekali. Ribuan rakyat mengungsi dan ratusan orang ikut terbunuh. Selain itu desa-desa juga mengalami kerusakan berat.
Pemberontakan Darul Islam di Jawa Tengah lainnya juga dilakukan oleh Batalyon 426 dari Divisi Diponegoro Jawa Tengah. Ini adalah tentara Indonesia yang anggota-anggotanya berasal dari laskar Hizbullah. Simpati dan kerjasama mereka dengan Darul Islam pun jadinya tampak karena DI/TII juga berbasis pasukan laskar Hizbullah. Cakupan wilayah gerakan Batalyon 426 dalam pertempuran dengan pasukan RI adalah Kudus, Klaten hingga Surakarta.Walaupun dianggap kuat dan membahayakan, namun hanya dalam beberapa bulan saja, pemberontakan Batalyon 426 ini juga berhasil ditumpas. Selain di Jawa Barat dan Jawa Tengah, pemberontakan DI/TII terjadi pula di Sulawesi Selatan di bawah pimpinan Letnan Kolonel Kahar Muzakkar. Pada tahap awal, pemberontakan ini lebih disebabkan akibat ketidakpuasan para bekas pejuang gerilya kemerdekaan terhadap kebijakan pemerintah dalam membentuk Tentara Republik dan demobilisasi yang dilakukan di Sulawesi Selatan. Namun beberapa tahun kemudian pemberontakan malah beralih dengan bergabungnya mereka ke dalam DI/TII Kartosuwiryo.
Tokoh Kahar Muzakkar sendiri pada masa perang kemerdekaan pernah berjuang di Jawa bahkan menjadi komandan Komando Grup Sulawesi Selatan yang bermarkas di Yogyakarta. Setelah pengakuan kedaulatan tahun 1949 ia lalu ditugaskan ke daerah asalnya untuk membantu menyelesaikan persoalan tentang Komando Gerilya Sulawesi Selatan (KGSS) di sana. KGSS dibentuk sewaktu perang kemerdekaan dan berkekuatan 16 batalyon atau satu divisi.
Pemerintah ingin agar kesatuan ini dibubarkan lebih dahulu untuk kemudian dilakukan re-organisasi tentara kembali. Semua itu dalam rangka penataan ketentaraan. Namun anggota KGSS menolaknya.
Begitu tiba, Kahar Muzakkar diangkat oleh Panglima Tentara Indonesia Timur menjadi koordinator KGSS, agar mudah menyelesaikan persoalan. Namun Kahar Muzakkar malah menuntut kepada Panglimanya agar KGSS bukan dibubarkan, melainkan minta agar seluruh anggota KGSS dijadikan tentara dengan nama Brigade Hasanuddin. Tuntutan ini langsung ditolak karena pemerintah berkebijakan hanya akan menerima anggota KGSS yang memenuhi syarat sebagai tentara dan lulus seleksi. Kahar Muzakkar tidak menerima kebijakan ini dan memilih berontak diikuti oleh pasukan pengikutnya.
Selama masa pemberontakan, Kahar Muzakkar pada tanggal 7 Agustus 1953 menyatakan diri sebagai bagian dari Negara Islam Indonesia Kartosuwiryo.
Pemberontakan yang dilakukan Kahar memang memerlukan waktu lama untuk menumpasnya. Pemberontakan baru berakhir pada tahun 1965. Di tahun itu, Kahar Muzakkar tewas tertembak dalam suatu penyergapan.
Pemberontakan yang berkait dengan DI/TII juga terjadi di Kalimantan Selatan. Namun dibandingkan dengan gerakan DI/TII yang lain, ini adalah pemberontakan yang relatif kecil, dimana pemberontak tidak menguasai daerah yang luas dan pergerakan pasukan yang besar. Meski begitu, pemberontakan berlangsung lama dan berlarut-larut hingga tahun 1963 saat Ibnu Hajar, pemimpinnya, tertangkap.
Timbulnya pemberontakan DI/TII Kalimantan Selatan ini sesungguhnya bisa ditelusuri hingga tahun 1948 saat Angkatan Laut Republik Indonesia (ALRI) Divisi IV, sebagai pasukan utama Indonesia dalam menghadapi Belanda di Kalimantan Selatan, telah tumbuh menjadi tentara yang kuat dan berpengaruh di wilayah tersebut. Namun ketika penataan ketentaraan mulai dilakukan di Kalimantan Selatan oleh pemerintah pusat di Jawa, tidak sedikit anggota ALRI Divisi IV yang merasa kecewa karena diantara mereka ada yang harus didemobilisasi atau mendapatkan posisi yang tidak sesuai dengan keinginan mereka. Suasana mulai resah dan keamanan di Kalimantan Selatan mulai terganggu. Penangkapan-penangkapan terhadap mantan anggota ALRI Divisi IV terjadi. Salah satu alasannya adalah karena diantara mereka ada yang mencoba menghasut mantan anggota ALRI yang lain untuk memberontak.
Diantara para pembelot mantan anggota ALRI Divisi IV adalah Letnan Dua Ibnu Hajar. Dikenal sebagai figur berwatak keras, dengan cepat ia berhasil mengumpulkan pengikut, terutama di kalangan anggota ALRI Divisi IV yang kecewa terhadap pemerintah. Ibnu Hajar bahkan menamai pasukan barunya sebagai Kesatuan Rakyat Indonesia yang Tertindas (KRIyT). Kerusuhan segera saja terjadi. Berbagai penyelesaian damai coba dilakukan pemerintah, namun upaya ini terus mengalami kegagalan. Pemberontakan pun pecah.
Akhir tahun 1954, Ibnu Hajar memilih untuk bergabung dengan pemerintahan DI/TII Kartosuwiryo, yang menawarkan kepadanya jabatan dalam pemerintahan DI/TII sekaligus Panglima TII Kalimantan. Konflik dengan tentara Republik pun tetap terus berlangsung bertahun-tahun. Baru pada tahun 1963, Ibnu Hajar menyerah. Ia berharap mendapat pengampunan. Namun pengadilan militer menjatuhinya hukuman mati.
Daerah pemberontakan DI/TII berikutnya adalah Aceh. Ada sebab dan akhir yang berbeda antara pemberontakan di daerah ini dengan daerah-daerah DI/ TII lainnya.
Di Aceh, pemicu langsung pecahnya pemberontakan adalah ketika pada tahun 1950 pemerintah menetapkan wilayah Aceh sebagai bagian dari propinsi Sumatera Utara. Para ulama Aceh yang tergabung dalam Persatuan Ulama Seluruh Aceh (PUSA) menolak hal ini. Bagi mereka, pemerintah terlihat tidak menghargai masyarakat Aceh yang telah berjuang membela republik. Mereka menuntut agar Aceh memiliki otonomi sendiri dan mengancam akan bertindak bila tuntutan mereka tak dipenuhi. Tokoh terdepan PUSA dalam hal ini adalah Daud Beureuh.
Pemerintah pusat kemudian berupaya menempuh jalan pertemuan. Wakil Presiden M. Hatta (1950), Perdana Menteri M. Natsir (1951), bahkan Soekarno (1953?) menyempatkan diri ke Aceh untuk menyelesaikan persoalan ini, namun mengalami kegagalan. Akhirnya pada tahun 1953, setelah Daud Beureuh melakukan kontak dengan Kartosuwiryo, ia menyatakan Aceh sebagai bagian dari Negara Islam Indonesia yang dipimpin Kartosuwiryo.
Konflik antara pengikut Daud Beureuh dengan tentara RI pun berkecamuk dan tak menentu selama beberapa tahun, sebelum akhirnya pemerintah mengakomodasi dan menjadikan Aceh sebagai daerah istimea pada tahun 1959. Tiga tahun setelah itu Daud Beureuh kembali dari pertempuran yang telah selesai. Ia mendapat pengampunan.